Представительство Министерства иностранных дел Российской Федерации в г.Барнауле учреждено в соответствии с распоряжением Совета Министров Правительства России от 20 июня 1993 года № 1089-р и является территориальным органом МИД России в Алтайском крае, Томской области и Республике Алтай. Представительство имеет отделение в г.Томске, которое было открыто в 1998 году.